-----
Было предположение, но не думал, что так...
----
1.Проект Arduino Pro Mini (AVR328).
Попробуйте выбрать Arduino Nano. В mini для экономии памяти не разрешено Software Serial.
Почему Вы не используете Serial аппаратный? Вашем случае это может оказаться решением.
И оперативной памяти у Вас занято 68%... В принципе и от этого может быть. Используемые Вами строковые переменные много памяти потребляют.
2.Вы используете дисплей старый - он тормозит.
3.В новой версии по другому организуется работа с EEPROM - библиотека побольше, но зато работает без "тормозов".
4.Для того чтобы понять что-то с Modbus AVR328 выбросите все лишнее (дисплей, логические блоки, EEPROM) и проверьте работу на аппаратном UART.
5.До всего этого неплохо бы выполнить отдельный тест с единственным блоком - вывод параметров проекта на консоль - так Вы поймете правильно ли система определила Ваш контроллер.
----
Ну и общие рекомендации:
1.Части проекта тестируйте по отдельности и поэтапно.
2.Уходите от AVR328. Или оставайтесь на предыдущих версиях FLProg...
Успехов.