Ранее я в баг-трекере писал о проблеме компиляции при использовании Arduino Uno в качестве программатора для Arduino Pro Mini ЗДЕСЬ.
Проблему решил путем сборки ide для FLProg из Arduino-1.6.5
Проверил несколькими компиляциями в версии FLProg 1.10.4.
Если кто желает попробовать, скачиваем архив ЗДЕСЬ
Распаковываем, и меняем в установленной программе FLProg на вашем компьютере.
ВНИМАНИЕ!!! Обязательно сохраните оригинал ide из программы, т.к. 100% гарантии не могу дать, сам только тестирую.
На скриншоте пример программирования через UNO
