FlProg

Доброго времени суток. Как в флп можно организовать функцию while?

Смотря что вы хотите делать, например можно компаратором. 
Вообще вы как-то с другой стороны идете, пытаетесь Си переложить на FBD, смысл как раз в том, чтобы поставленную задачу без программных заморочек воплотить в жизнь.