Полностью согласен...В целом плохая идея, особенно AVR. При росте проекта начнутся прболемы.
Переходите на другие платформы.
На RP2040 на втором ядре совсем хорошо такие задумки получаются. Недавно для одной локальной задачи генерил необходимую последовательность с частотой 300кгц. ШИМ наверное с частотой 150-200кГц получится.

Но.. аппаратный шим тем и хорош что работает минуя основной код, т.е. если код основной программы не будет залезать в установки шим на каждом цикле он должен справится без проблем, и примеров тому масса.. например моргать диодом а параллельно выполнять основной код с другими задачами.. по сути получается что шим использует только прерывания таймера не касаясь основной программы..
Из этого следует что он может, а вот незнание предмета т.е. языка есть преграда..
Может заодно подскажите программу на простом внятнографическом чтобы Raspberry Pi программировать?
Спасибо..