Вроде про этот баг никто еще не писал. Компилируем проект из FLProg в установленный IDE 1.8.0, нажимаем проверить или вгрузить , IDE 1.8.0 выдает кучу ошибок. IDE 1.6.3, установленный в прежней версии FLProg, выдает тот же проект корректно. Копирую скомпилированный скетч в IDE 1.8.1 - все отлично! Сейчас так и делаю. Нужно заменить в FLProg 2.3.1   IDE 1.8.0 на IDE 1.8.1.
А самому можно заменить?
Кстати этот баг я заметил при работе с IDE 1.8.0 еще до FLProg.

Установки - Установки программы - Папки,  там даете путь к нужной версии IDE.

Большое спасибо! Все стало отлично!

В версии 2.4 будет ArduinoIDE 1.8.1