В данном случае, если стоит задача найти виновника, единственно верный вариант это по новому собрать проект, но по не большим кусочкам и, при этом, почаще прогружать и проверять работоспособность и OTA и основной логики. Лично я так всегда и делаю. Сделал небольшой кусок, прогрузил, погонял, сохранил текущий вариант и дальше таким же образом.
С текущим проектом вычислить в чем причина не удается, в нем очень много используется клемм, из за этого не получается отключить все платы и включая их поочередно с загрузкой найти виновника.