Вам необходимо изначально проверить и настроить всю цепочку прохождения сигнала от счётчика Гейгера до выхода из Ардуины. Предположительно, самым узким местом у вас является вход/выход транзистора перед входом Ардуины, с его RC цепочками, и параметры антидребезга установленные вами на входе Ардуины.
Лучше и безопаснее проверять с испытательным сигналом, вместо временно откинутого счётчика Гейгера и с отключенным высоковольтным преобразователем. Сигнал проще всего сформировать в самой же Ардуине. Вывести и подать испытательный сигнал с любого ранее незадействованного выхода, через резистор около 10К (тот который подключался к счётчику Гейгера), на базу входного транзистора.
В FlProg возьмите стандартный блок генератора и сформируйте искомый сигнал как несимметричный генератор. Изначально рекомендую установить в генераторе время импульса и время паузы одинаковым, примерно по 1 секунде и подать в вашу схему. Если у вас на выходе станет попискивать пищалка и подмигивать светодиод - значит уже неплохо.
Затем не пожалейте время, погуглите в инете, и узнайте какое время длительности импульса, которые обычно выдаёт ваш счётчик Гейгера. Допустим это время окажется примерно равным 10 микросекунд. Сформируйте в своём испытательном генераторе такие параметры:
И вновь испытайте схему в работе.
Пропало прохождение сигнала?
Уберите вообще со входа Ардуины антидребезг.
Сигнал стал проходить?
Восстановите антидребезг, но при этом нужно уменьшить его временные характеристики.
И т.д. и т.п.
Когда добьётесь устойчивой работы схемы с испытательным сигналом - отключайте испытательный, подключайте счётчик Гейгера.
Не заработало?
Разбирайтесь с формированием питания счётчика и т.д.