как лучше реализовать счетчик моточасов? Переменную с счетчика импульсов писать на флешку?

Писать имеет смысл при выключении питания контроллера, причем это аварийный режим. А так контроллер мало потребляет, да еще в сон его загнать можно.

Запитайте контроллер с ионистором, чтобы контроллер успел записать переменную в eeprom, далее любой цифровой вход организуйте как вход наличия питания. Включили устройство появилось питание и контроллер начал считать время в переменную, при пропадании питания от входа поступает сигнал на запись в eeprom.

Xops, чё так и не получилось сделать?