Если блоку EEPROM на входе EN не задать константу и оставить не подключенным. Тогда при компиляции проекта появляется ошибка, после чего FLProg успешно закрывается и весь созданный проект пропадает.

У меня не получилось повторить Вашу ошибку. Пока не подключиш вход EN  проект некорректен и не компилируется. Выложите пожалуйста проект с ошибкой, мне просто интересно как вы добились результата показанного на скриншоте

Если кликнуть по пустому входу EN тогда проект станет корректен.

Да это очень иетересная бага. И не только у ЕЕПРОм но и у всех блоков. Буду исправлять