Если блоку EEPROM на входе EN не задать константу и оставить не подключенным. Тогда при компиляции проекта появляется ошибка, после чего FLProg успешно закрывается и весь созданный проект пропадает.
У меня не получилось повторить Вашу ошибку. Пока не подключиш вход EN проект некорректен и не компилируется. Выложите пожалуйста проект с ошибкой, мне просто интересно как вы добились результата показанного на скриншоте