Попробуйте измерять не частоту, а период. Заполните интервал между двумя фронтами высоко стабильными ардуинскими отсчётами.
Идея такая: организовываете переменную-счётчик. Инкрементируете её от прерываний таймера. Первый фронт - начало счёта, второй - останов.
Можно усреднить инкрементируя сразу несколько периодов, потом поделить на число периодов.
Можно повысить точность, если считать прямо встроенным таймером.
Для заданной точности потребуется заполнение импульсами с частотой около 200 кГц. Это период следования 5 мкс. Не знаю, сможет ли FLProg-овская программа работать с такой частотой, но на С - нет проблем.
Добавлено (21.01.2017, 13:31)
---------------------------------------------
dj_gold писал(а):Сигнал прецессии протонов берется после поляризации керосина в датчике.
Следопыт что-ли?