Avrdude прошивает Arduino через bootloader (зашитый в микроконтроллер), используя протокол STK500 для передачи новых скетчей.
Несколько раз встречал на просторах нета людей которые загружают в дуню скетчи через
ArduinoDroid (сам не пробовал).
Среди функционала в описании есть пункт:
загрузка скетчей (Arduino Uno/Uno_r3, Duemilanove, Nano, Mega 2560, Leonardo, Micro/Pro Micro, Pro, Pro Mini поддерживается,устройства с USB-Host поддерживаются 100%)
Так что думаю что это и есть решение вашей задачи. Если получится прошу отписаться)