Да, Вы правы,можно и так,но файлы компилируются с разными именами и в случае работы с протеус нужно снова выбирать файл,а так откомпилировал и сразу запускай симуляцию и в папке всегда один обновленный файл.
И так каждый раз? И то пока открыт дежурный компилятор. А в общем,дело привычки,кому как удобней.
Не удобство, что каждый раз нужно открывать ардуино иде, он время тоже занимает.
Тоже пользовался, но частенько засыпает ошибками, то этого нет , то другого, разбираться не стал.