https://github.com/sudar/Arduino-Makefile
Проект уже зрелый.
Позволяет компилировать код и прошивать его в плату не вызывая
графическую среду ArduinoIDE.
В большинстве случаев - это то что нам надо.
Предлагаю Автору интегрировать этот проект в FLProg.
А в интерфейсе FLProg сделать выбор - вызывать IDE или не вызывать.
Вот его фичи с сайта(на английском):
Very robust
Highly customizable
Supports all official AVR-based Arduino boards
Supports official ARM-based Arduino boards using Atmel SAM chip family and includes on-device debugging targets.
Supports chipKIT
Supports Teensy 3.x (via Teensyduino)
Works on all three major OS (Mac, Linux, Windows)
Auto detects serial baud rate and libraries used
Support for *.ino and *.pde sketches as well as raw *.c and *.cpp
Support for Arduino Software versions 0.x, 1.0.x, 1.5.x and 1.6.x except 1.6.2. We recommend 1.6.3 or above version of Arduino IDE.
Automatic dependency tracking. Referred libraries are automatically included in the build process. Changes in *.h files lead to recompilation of sources which include them